近年来，通过对几个单位的审计及其他审计报告中发现，基本上都存在着一个共性问题，即“入账发票不合规”，并且审计定性一般表述为：入账发票不合规、未按规定取得发票、不合规发票入账等。审计事实表述与定性依据、处理处罚的依据也都是按照《中华人民共和国发票管理办法》的描述与定性进行处理处罚，但这些“入账发票不合规”问题的背后，并非单纯的“入账发票不合规”问题，其中隐藏着大量的严重违规违纪、违法犯罪问题。如一些被审计单位，通过种种手段取得发票后虚列支出，套取现金，设置“小金库”，为小团体谋取不正当的利益；一些单位掌管财务审批权的个人，将个人消费发票拿到单位报销，贪污公款；一些单位以购买福利卡、会员卡、购物卡、消费券的方式，变相发放奖金、福利、送礼等，开具办公用品等项目发票入账，既违反财经纪律，又造成个人少缴所得税，并诱发严重的腐败问题；一些单位为掩盖违规违纪问题，将一些不合理开支变换成修车费用、燃油费用、微机耗材费用、会议费、培训费等发票报销。以上这些问题，如果单纯从表面现象看，都可以归入“入账发票不合规”问题，但其实质则不然，有些是与入账发票不合规截然不同性质的问题。事实上被审计单位的多数上述问题，正是在“入账发票不合规”这一宽泛问题的掩盖下被“保护”了起来，逃避了应有的法律制裁。

针对审计发现的不合规发票问题，审计人员应进一步查清情况，摸清资金支出的实质，然后再作出恰当的审计定性和处理，定性和处理依据也不能紧紧局限于《中华人民共和国发票管理办法》，而是先依据《中华人民共和国会计法》进行定性与处理，《中华人民共和国会计法》中定性及处理处罚依据不明确的，依据《中华人民共和国发票管理办法》和《中华人民共和国发票管理办法实施细则》或其他有关法规进行定性和处理。

审计人员要对审计实事的定性应当具体、明确，不能完全按照“以不合规票据入账”来笼统表述。《中华人民共和国发票管理办法》的处理处罚力度太小，远远小于自身所得利益，给被审计单位造成一种无所谓的假象，久而久之，被审计单位会出现严重的违规违纪、违法犯罪的问题，同时也会给政府资金造成不必要的损失，因此要加大对此事项的监督检查力度，从源头上根本解决此项问题。